Kann man eine Rechnung als Abschlagszahlung erstellen d.h. Anzahlung von z.b. 50%

Ja, das geht über die Zahlungsziele. Menü Firma -> Zahlungsbedingungen. Dann hier das entsprechende Zahlungsziel eintragen und im Auftrag zuordnen. Das Zahlunsgziel erscheint dann auf dem Beleg.